2017年3月10日，澜沧江—湄公河合作中国秘书处（以下简称“澜湄合作中国秘书处”）在北京成立，是中国参与澜湄合作的协调机构。澜湄合作中国秘书处设在外交部，主要承担规划、协调、落实和宣传等四项职能，即规划机制建设和务实合作；协调联络中国相关部门、地方政府和湄公河国家推进合作；审批管理澜湄合作专项基金，推动合作项目落实；同时做好舆论宣传，不断扩大机制影响。秘书处自成立以来积极发挥作用，推动和参与了澜湄合作框架下许多活动和项目。
2017年6月12日，澜湄合作中国秘书处云南联络办公室在云南省外办成立。该联络办公室是澜湄六国成立的第一个地方协调机构，是云南省参与澜湄合作的协调机构。
澜湄合作中国秘书处设有“澜沧江—湄公河合作中国秘书处”官方微信公众号和“澜沧江—湄公河合作”官方网站。
